¡Sí, puede! Esta es una mejora de seguridad significativa.

El modo seguro limita al archivo PHP a poder ejecutar acciones sólo sobre archivos/carpetas cuyo propietario es el mismo que el que usa el PHP (habitualmente es 'apache'). Normalmente, como los archivos son creados bien por la aplicación Joomla o por el acceso FTP, la combinación de acciones de archivo PHP y del modo FTP permite a Joomla! operar en Modo PHP Seguro.